Enfin un espoir de comprendre tous les soucis digestifs petits ou grands auxquels on ne trouvait pas d'explication jusqu'à présent. Notre bien-être intestinal serait dû à ces petites bactéries qui colonisent notre tube digestif : le microbiote intestinal. Comme sur notre peau, des milliers de germes vivent dans notre intestin en parfaite symbiose avec notre corps. Non seulement ces organismes microbiens sont inoffensifs, mais ils jouent un rôle primordial dans notre santé en général et digestive en particulier.

Le microbiote sain se définit par sa quantité (nombre de germes) et par sa qualité (diversité des espèces). On peut l'assimiler à un système écologique où chaque espèce est représentée dans certaines proportions. Il n'est cependant jamais le même d'un individu à l'autre : c'est une signature individuelle. Il est actuellement considéré comme un vrai organe à part entière.

Parmi les observations qui nous ont menées à penser au rôle du microbiote, ce sont les troubles digestifs tels que les diarrhées liées à la prise d'antibiotiques. Les antibiotiques, en détruisant certains de ces germes, favorisent l'apparition de troubles intestinaux. La restauration de la flore intestinale après l'arrêt des antibiotiques et la prise de probiotiques rétablit l'équilibre et améliore les symptômes.

Dernièrement, la recherche s'est penchée sur l'étude d'autres rôles du microbiote comme dans le système immunitaire, la régulation des gênes, et le métabolisme des hormones. Les scientifiques se sont aussi intéressés à son implication dans des maladies plus graves comme les maladies chroniques inflammatoires de l'intestin (maladie de Crohn et Rectocolite hémorragique), les maladies biliaires, les cancers...

Il est reconnu actuellement que l'altération du microbiote, chose qui se définit par une pauvreté de sa population ou le manque de certaines espèces par rapport à d'autres, est impliquée dans des pathologies comme le syndrome du côlon irritable, la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique, l'infection grave à Clostridium Difficile, l'obésité, les maladies cardiovasculaires et même certaines maladies neurologiques et cancers.

Tout d'abord, d'où nous vient notre microbiote ?

Le premier contact se passe lors de l'accouchement et permet le passage des bactéries maternelles au nouveau-né. C'est dans ce sens que l'accouchement par voie basse permet une meilleure constitution du microbiote par rapport à l'accouchement par césarienne. S'ajoute à cela l'allaitement maternel qui favorise également l'enrichissement de ce dernier en comparaison avec l'allaitement artificiel. Le microbiote continue de s'enrichir et se développer au cours des années et vient là le rôle très important de l'alimentation ou plutôt le type de régime alimentaire. Les types de microbiote diffèrent en effet en fonction des cas comme le régime occidental fait de graisses animales et sucres raffinés par rapport au régime méditerranéen plus riche en aliments d'origine végétale. Donc nous pouvons améliorer la composition de notre microbiote en adoptant de meilleures diètes à long terme et en s'y habituant.
Le changement d'habitudes alimentaires, les médicaments notamment les antibiotiques, les infections… peuvent altérer le microbiote d'une façon plus ou moins continue.

L'intérêt de ces découvertes nous permet d'une part d'expliquer certaines situations pathologiques de cause inconnue, mais aussi et surtout de pouvoir aspirer à un traitement et un rétablissement de l'équilibre par voie naturelle en agissant sur la flore intestinale. Les conseils alimentaires et les combinaisons diététiques jouent un rôle, l'administration de probiotiques également est recommandée devant certains troubles. Le traitement peut se baser dans les cas les plus compliqués sur ce qu'on appelle la transplantation fécale. Aussi étonnant que cela puisse paraitre, il est possible de transplanter une flore d'un individu sain à un patient via ses matières fécales et à travers une coloscopie. C'est une méthode révolutionnaire pratiquée actuellement dans certains pays, et qui a déjà fait ses preuves dans certaines pathologies telles que la colite grave à Clostridium difficile, une infection dont la gravité pouvait faire indiquer une chirurgie totale du colon.

Cette perspective est aussi une voie d'expérimentation dans les maladies inflammatoires comme la maladie de Crohn qui nécessite actuellement des traitements supprimant l'immunité et pouvant aller à des chirurgies multiples.
D'un autre côté, prendre soin de son microbiote et entretenir au mieux cette flore comme un système écologique qui ne doit être amputé d'aucun de ses éléments, permet la prévention de beaucoup de pathologies chroniques et assure surement un confort global. Cela commence dès le début de notre vie, encourager l'accouchement naturel sauf contre-indication, encourager l'allaitement maternel le plus longtemps possible, et instaurer des habitudes alimentaires saines en respectant les parts entre les produits d'origine végétale et animale, les fibres et les hydrates de carbone.

Dr Ilham Azghari
Hépato-gastroentérologue - drazghari.gastro@gmail.com