Il a occupé également le poste de directeur du centre hospitalier universitaire Hassan II de Fez de 2001 à 2004. Il est par ailleurs, le coordonnateur de l’enseignement de l’informatique médicale à la faculté de médecine et de pharmacie de Rabat.
Le professeur Chefchaouni succède au professeur Amine El Hassani qui a été nommé directeur de l’hôpital universitaire international Cheikh Zaid