Le projet de loi prévoit aussi le maintien des établissements publics existants qui sont chargés du contrôle des produits pharmaceutiques à usage de la médecine humaine, de la pharmacovigilance et de la matériovigilance, de la toxicologie et du sang.
Ces établissements apporteront leur concours à l'Agence pour la réalisation de ces missions, a précisé le ministre. Le projet de loi modifie, par ailleurs, les dispositions de plusieurs articles en vue de la "rationalisation et de la maîtrise des tarifs des prestations effectuées dans les établissements de santé privée".

Des dispositions pénales sont également amendées, prévoyant ainsi de nouvelles dispositions pénales pour sanctionner les infractions en matière d’enregistrement, d'homologation, d'importation, de contrôle de fabrication et de distribution et d’expérimentation des produits pharmaceutiques et des dispositifs médicaux à usage de la médecine humaine.

Le projet de loi prévoit, en outre, une période transitoire durant laquelle les structures en charge, actuellement des missions dévolues à l'Agence, continuent d’exercer ces missions jusqu'à la mise en place de cette l'Agence nationale des produits pharmaceutiques à usage de médecine humaine pour éviter le vide juridique après la promulgation de la nouvelle loi.
Le rapporteur de la commission de la santé et des Affaires sociales, du travail et de la formation professionnelle à l'APN a indiqué que ce projet de loi est un "saut qualitatif" en matière de législation dans la santé, soulignant que le projet offre des "mécanismes législatifs à même de stabiliser et pérenniser le système de santé ainsi que le marché des produits pharmaceutiques".

Il a relevé que les représentants des différents organismes et spécialistes avec lesquels la commission s'est concertée ont été "unanimes" à affirmer que ce projet marque un "pas positif" et "important" vers l'instauration des "mécanismes législatifs à même d'assurer un meilleur encadrement du marché des produits pharmaceutiques". En ce sens, la commission a recommandé de "réviser totalement" cette loi, de veiller, par la suite, à l'application des dispositions de la nouvelle loi avec la mise en place de l'Agence.
La commission a aussi suggéré de contrôler l'importation des médicaments et la commercialisation des herbes médicinales.