El Moudjahid : Quelles sont les caractéristiques du variant Omicron qui a fait son apparition en Afrique du Sud ?

Pr Bellou : L’infection a coronavirus (Covid-19) a émergé en Chine à Wuhan en décembre 2019. Les manifestations cliniques évoluent des formes mineures vers le syndrome de détresse respiratoire aigu responsable d’une défaillance multi viscérale puis vers le décès. Cette phase de l’infection est en partie liée à ce que l’on appelle “l’orage cytokinique” induisant une inflammation massive responsable des dégâts cellulaires et tissulaires. Les sujets âgés et les personnes souffrant de maladies chroniques et d’obésité ont le taux d’hospitalisation en réanimation et de mortalité le plus élevé. L’infection s’est étendue dans le monde entier et a été déclarée comme une pandémie des mars 2020. Dès le 19 juillet 2020, le nombre de cas était de 14.043.176 millions et de 597.583 morts. Fin novembre 2020, le nombre de cas est de plus de 261 millions et plus de 5 millions de morts.

La mortalité est estimée à 2% et le nombre de malades chroniques à 0,4% dans le monde. Le nouveau variant Omicron (B.1.1.529) vient d’être détecté en Afrique du Sud et en Europe. Le Technical Advisory Group sur le SARS-CoV-2 Virus Evolution (TAG-VE), un groupe indépendant qui suit l’évolution de la pandémie et notamment les mutations du virus, a été sollicité au sujet de ce nouveau variant le 26 novembre 2021 par l’OMS afin d’apporter plus de précisions. Ce variant a été rapporté à l’OMS le 24 novembre 2021. Le premier cas a été détecté le 9 novembre 2021.Ce nouveau variant à un nombre important de mutations au niveau des gènes codant pour la protéine spike et inquiète l’OMS devant la rapidité d’extension à toutes les provinces d’Afrique du Sud. Il apparait que les tests RT-PCR restent encore capables de le détecter. Pour toutes ces raisons, l’OMS l’a classé comme VOC (Variant of Concern) c’est-à-dire inquiétant. Les mutations détectées dans ce variant sont retrouvées dans d’autres variants incluant le variant Delta. Il combine donc toutes les mutations actuellement connues. Il a été d’abord détecté au Botswana au début du mois de novembre puis chez un voyageur pour Hong Kong. Ce variant semble échapper aux réponses immunitaires induites par les vaccins. “We’re flying ait warp speed,” (Nous volons à vitesse rapide) depuis la découverte de ce variant, dit Penny Moore, un virologue de l’université du Witwatersrand à Johannesburg en Afrique du Sud. Tous les chercheurs du monde se sont mis au travail pour obtenir plus d’information sur ce variant et connaître sa capacité à s’étendre rapidement et confirmer sa virulence ainsi que l’échappement vaccinal. Ce variant contient plus de 30 modifications de la protéine spike (protéine S) qui permet de pénétrer dans les cellules infectées. La plupart de ces mutations sont observées chez les variants Alpha et Delta et augmentent la virulence et l’échappement aux vaccins. 77 des prélèvements analysés dans la province de Gauten en Afrique du Sud où ont été détectés les premiers malades ont permis d’identifier ce variant. Plus d’une centaine de prélèvements sont encore à l’étude. Il est maintenant démontré que ce variant s’est étendu à d’autres provinces d’Afrique du Sud. Les équipes sud-africaines travaillent activement pour savoir si ce variant résiste aux vaccins. Les premiers résultats devraient être disponibles dans deux semaines. Les vaccins Johnson & Johnson, Pfizer–BioNTech and Oxford–Astra Zeneca sont à l’étude. Deux voyageurs en quarantaine à Hong Kong testés positif à ce variant étaient vaccinés avec le vaccin de Pfizer. Un des deux voyageurs venait d’Afrique du Sud et le deuxième voyageur a été infecté à l’hôtel durant la quarantaine.

Pourquoi la situation est-elle si préoccupante ?

Les chercheurs essayent de déterminer si ce variant induit des formes sévères de l’infection à la Covid-19 ou plutôt modérées. Il n’est pas encore clair s’il est beaucoup plus transmissible que le variant Delta. Après la détection du variant en Afrique du Sud, ont été rapportés des cas en Australie, au Royaume-Uni, en Allemagne, en Autriche, en Israël, en Italie, en République tchèque et à Hong Kong. Les voyageurs venant des pays du sud de l’Afrique ne sont plus autorisés à entrer dans ces pays. La France a pris la même décision dimanche 28 novembre. Les autorités hollandaises sont en train de tester 61 voyageurs de retour d’Afrique du Sud vendredi 26 novembre 2021. Il n’y a pas encore de cas détecté aux USA, mais cela ne saurait tarder selon les déclarations du professeur Anthoni Fauci du CDC. Lawrence Young, un virologue de la Warwick Medical School du Royaume-Uni, a déclaré que le variant Omicron est très inquiétant car le virus possède toutes les mutations (une cinquantaine) découvertes chez les autres variants en plus de nouvelles mutations qui ne se trouvent que chez ce variant. Les informations restent encore parcellaires. Il faut attendre la première publication scientifique pour avoir plus d’informations sur les tranches d'âge les plus ciblées et l’impact sur les malades chroniques. De même que l’échappement aux vaccins reste à préciser. La virulence et l’accélération de la transmission sont en cours d’investigation.

Selon vous, quel est le taux de transmission avec l'arrivée de ce nouveau variant Omicron ?

La vaccination à l’échelle mondiale doit se poursuivre de manière intensive et les mesures barrières avec le port du masque, le lavage des mains et la distanciation physique restent essentielles. Une récente étude publiée dans le Lancet a confirmé que l’augmentation du nombre de cas est liée à un relâchement de ces mesures, notamment dans les lieux fermés. Mais, tant que la vaccination n’est pas généralisée, le virus va continuer de circuler et donc de muter. La vaccination ne protège pas à 100% de contracter le virus et la transmission est toujours possible.
Il est donc primordial de respecter les mesures qui réduisent la transmission des virus et bien sûr de vacciner le maximum de personnes. L'agence européenne du médicament vient d'autoriser la mise sur le marché de deux anticorps monoclonaux anti Covid-19, le Ronapreve et le Regdanvimab efficaces chez les malades hospitalisés et qui empêchent l'évolution vers des formes cliniques graves. Ces deux anticorps monoclonaux se fixent sur la protéine S et bloquent la pénétration du virus dans les cellules. Il manque encore un médicament prophylactique pour prévenir la survenue de l'infection. Il est donc très important de traiter les personnes infectées, notamment les sujets âgés et les sujets souffrant de comorbidités avec pour objectif d’empêcher l’évolution vers des formes graves et le décès. 4.553 essais cliniques ont été entrepris depuis la pandémie et 3.754 sont terminés. Les résultats de 1.516 essais, soit 40.4%, n'ont pas encore été publiés. Il est donc impératif que toutes ces personnes à risque soient vaccinées. Ainsi, nous disposerons de traitements curatifs pour tuer le virus et de vaccins pour prévenir l’infection.

Y aura-t-il un nouveau protocole de vaccination ?

Le virus va persister, il faudra accepter de vivre avec mais il devrait devenir de moins en moins virulent et transmissible à mesure que la vaccination va se poursuivre. Nous sommes actuellement à la troisième dose de vaccination. Nous verrons après avoir passé le cap difficile de l’hiver propice à la multiplication des coronavirus. L’idéal serait de proposer une vaccination annuelle comme pour la grippe saisonnière. La Covid-19 est un génie maléfique qui s’adapte aux défenses immunitaires et il est possible que d’autres voies de pénétration existent qui échappent aux réponses immunitaires. Des travaux sont actuellement en cours pour mieux les caractériser. Il faut continuer à maintenir les mesures barrières (port du masque de protection, distanciation physique et lavage fréquent des mains).

K. A. A.