Le laboratoire de la grippe et des virus respiratoires est érigé en Centre national de référence depuis 2005. Quelles sont les activités de ce laboratoire ?

Le laboratoire regroupe quatre unités, qui portent sur différents domaines d’activité de diagnostic et de recherche. Il y a les cultures cellulaires et isolements, biologie moléculaire des virus respiratoires et une unité de surveillance de la résistance aux antiviraux, cette dernière a été retenue comme candidate par l’OMS, lors de la visite d’experts en 2015, comme centre d’excellence pour les activités à l’échelle régionale. Le laboratoire assure les activités de diagnostic, la recherche et la formation. D’ailleurs lors de cette épidémie, des cycles de formation ont été organisés pour le diagnostic du Sars-Cov-2 notamment sur les méthodes spécifiques à ce virus.

Des séquençages du sars-cov-2 sont effectués depuis quelques mois. Qu’en est-il ?

Effectivement, nous avons procédé au séquençage du virus et plusieurs mutations ont été identifiées, mais elles n’avaient pas d’impact sur l’activité du virus. Nous avons adopté une stratégie de séquençage à travers le screening de la PCR positive.
C’est à ce niveau-là que le recours au séquençage est indiqué pour chercher les mutations. Le résultat d’une PCR positive avec gène S négatif suscite des doutes. Elle sera donc soumise à une deuxième étape d’examen pour le séquençage de fragments afin d’identifier les mutations. Le séquençage consiste à déterminer l’ordre d’enchaînement des nucléotides d’un fragment d’ADN donné, et nous utilisons la méthode de Sanger. Mais bientôt un nouvel équipement sera réceptionné et nous permettra de détecter les mutations spécifiques en peu de temps. Cette nouvelle technologie nous permet de faire un travail complet en un temps record.

Quel est l’objectif du séquençage ?

Lors d’une épidémie, les données permettant de comprendre la biologie du virus et son évolution sont essentielles pour la compréhension de sa propagation, surveiller l’apparition des variants du virus et de potentielles modifications, sa virulence et sa contamination. La surveillance de l’apparition des variants est importante pour une meilleure prévision de l’évolution de l’épidémie. Les données de séquence du virus sont essentielles pour s’assurer que les vaccins sont adaptés aux variants du virus en cours de circulation.

Quels sont les objectifs de votre laboratoire à l’avenir ?

Nous continuerons à travailler pour que notre laboratoire s’affirme comme référent des CNR de demain, en adoptant les technologies de pointe pour le diagnostic virologique de la Covid-19 et autres virus. Comme nous poursuivrons la surveillance de la circulation des variants Sars-CoV-2, notamment le séquençage par NGS next génération séquence, doubler le nombre des activités de recherche, développer le partenariat de recherche et surtout renforcer la formation et le transfert de technologie.

DJAMILA KOURTA